Navigoinnin ja paikannuksen osasto tekee innovatiivista tutkimusta uusien navigointi- ja paikannusratkaisujen löytämiseksi. Esimerkkejä tällaisista ovat uudet paikannusalgoritmit ja uusien paikannussensoreiden mahdollisuudet. Osaston tutkimus kattaa muun muassa satelliitti- ja radionavigoinnin, jokapaikan paikannuksen, monisensorijärjestelmien integrointimenetelmät sisä- ja ulkokäyttöön, paikkaperustaiset palvelut, kontekstitietoisuuden, liikkuvan kartoituksen sekä älykkäät liikennejärjestelmät. Osasto on koordinoinut ESA:n (Euroopan avaruusjärjestö), EU:n, Tekesin, Suomen Akatemian ja MATINE:n (Maanpuolustuksen tieteellinen neuvottelukunta) rahoittamia tutkimushankkeita. Osasto isännöi Euroopan ensimmäisen satelliittinavigointijärjestelmän EGNOS:n maa-asemaa. Navigoinnin ja paikannuksen osastoon kuuluu kolme tutkimusryhmää: